Un test a été découvert qui prédit quels patients ne répondront pas à la chimiothérapie anticancéreuse.

Les thérapies ciblées sont déjà une réalité dans le traitement du cancer . On découvre un point faible dans les cellules tumorales et on recherche ou développe un médicament pour le traiter efficacement. Mais il est tout aussi important de savoir ce qui fonctionnera que d'exclure ce qui ne fonctionnera pas et n'entraînera que des effets secondaires. Dans cette optique, un groupe de chercheurs du Centre national espagnol de recherche sur le cancer (CNIO) a développé une méthode permettant de prédire quels patients trouveront inefficaces les traitements de chimiothérapie standard, couramment utilisés, à base de composés contenant du platine, des taxanes et des anthracyclines . Ces travaux sont publiés dans Nature Genetics.

La chimiothérapie, traitement standard du cancer depuis des décennies, vise à détruire les cellules tumorales à l'aide de médicaments. Cependant, son efficacité n'est pas toujours au rendez-vous. « La chimiothérapie est efficace chez certains patients, mais pas dans tous les cas. Entre 20 et 50 % des patients atteints de cancer ne répondent pas à ces médicaments », explique Geoff Macintyre, responsable du groupe d'oncologie computationnelle du Centre national espagnol de recherche sur le cancer (CNIO). « Ces patients souffriront des effets secondaires de la chimiothérapie, sans aucun bénéfice clinique », ajoute-t-il.

L'équipe est dirigée par Macintyre, en collaboration avec l'Université de Cambridge et la société dérivée Tailor Bio. « Nous avons trouvé un moyen de mettre en œuvre une médecine de précision avec des chimiothérapies standard », explique Macintyre, qui a collaboré avec les chercheurs Joe Sneath Thompson et Bárbara Hernando, du CNIO, et Laura Madrid, de Tailor Bio, comme premiers auteurs.

« Il est important de noter que notre étude introduit des biomarqueurs qui permettent la stratification des patients lorsque plusieurs chimiothérapies non initialement développées comme thérapies ciblées sont utilisées », écrivent-ils dans Nature Genetics.

« Nous avons développé un test génomique permettant d'utiliser trois chimiothérapies standard de manière ciblée, c'est-à-dire chez des patients dont nous savons qu'ils y répondront », explique Thompson. « Ce test peut être appliqué à différents types de cancer ; nos résultats pourraient bénéficier à des centaines de milliers de patients chaque année. »

La méthode développée par l'équipe du CNIO repose sur le constat que de nombreuses tumeurs accumulent des altérations ou des changements dans le nombre de chromosomes dans leurs cellules. L'une des conséquences, explique Laura Madrid, est que « les cellules cancéreuses ne possèdent pas la quantité adéquate de matériel génétique ».

Ces altérations varient selon les tumeurs, formant ainsi ensemble un schéma caractéristique, une signature d'instabilité chromosomique. L'étude, désormais publiée, développe des biomarqueurs basés sur ces signatures d'instabilité chromosomique.

Ces biomarqueurs nous permettent de « détecter précocement quels patients sont résistants à ces traitements afin de pouvoir choisir des traitements alternatifs plus efficaces, évitant ainsi des effets secondaires inutiles », explique Macintyre.

L’utilisation précise de la chimiothérapie profite non seulement aux patients mais au système dans son ensemble, car elle réduit les coûts des soins de santé en réduisant le coût des thérapies inefficaces et en traitant les complications liées aux effets secondaires des thérapies.

Une fois les biomarqueurs développés, l'équipe du CNIO les a testés de manière innovante : par un essai simulé, c'est-à-dire avec des données existantes. Les auteurs ont exploité un grand nombre de données provenant de patients atteints de cancer ayant déjà reçu les chimiothérapies analysées dans l'étude.

Plus précisément, le groupe a travaillé avec les données de 840 patients atteints de différents types de cancer . « Nous avons utilisé des données de patients atteints de cancer du sein , de la prostate , de l'ovaire et de sarcome », explique Hernando. Ils ont pu démontrer l'efficacité des biomarqueurs de résistance qu'ils proposent contre l'un des trois types de chimiothérapie évalués, à base de composés du platine, de taxanes et d'anthracyclines.

Pour transposer ces connaissances en clinique, la technologie développée par les chercheurs du CNIO doit maintenant être validée en milieu hospitalier . Le groupe a déjà reçu un financement du ministère de la Transformation numérique et de la Fonction publique. Ce projet, mené en collaboration avec l'entreprise dérivée Tailor Bio et l'hôpital universitaire 12 de Octubre (H12O), évaluera l'intégration de la technologie au système de santé en analysant des échantillons de patients déjà disponibles. Cela démontrera que la technologie est prête à être utilisée dans des essais cliniques d'ici 2026.

« Faire passer un biomarqueur de la phase de découverte à la phase clinique est rarement simple. Mais avec persévérance et collaboration, il est possible de transformer un projet de recherche en une technologie véritablement prometteuse sur le plan clinique », explique Macintyre.