Un marqueur a été découvert qui indique quels patients ne répondront pas à la chimiothérapie.

Les biologistes Geoff Macintyre et Barbara Hernando sont habitués au chaos. Leur spécialité est l'étude du noyau des cellules malignes dans de nombreux types de tumeurs, où se produisent des aberrations génétiques majeures, appelées instabilité génomique. Celles-ci entraînent des dommages à l'ADN à grande échelle, inimaginables dans des cellules saines, et, pour des raisons encore mal comprises, rendent la maladie de plus en plus rapide et difficile à enrayer avec les médicaments disponibles, surtout lorsque la tumeur s'est propagée à plusieurs organes, produisant des métastases , responsables de neuf décès par cancer sur dix.

Ce lundi, Macintyre, Hernando et d'autres chercheurs en Espagne et au Royaume-Uni présentent une nouvelle analyse de l'instabilité génomique qui leur permet de prédire quels patients ne répondront pas à trois types de chimiothérapie.

« La chimiothérapie est un excellent traitement lorsqu'elle est efficace », explique Macintyre, chercheur au Centre national espagnol de recherche sur le cancer (CNIO). Le problème, ajoute-t-il, est qu'à l'échelle mondiale, jusqu'à 50 % des patients ne répondent pas à ces médicaments, mais souffrent néanmoins de leurs effets secondaires.

Des scientifiques ont découvert, dans le vaste chaos de l'instabilité génomique, des biomarqueurs indiquant si ces cellules seront vulnérables au platine , aux taxanes et aux anthracyclines, trois grands groupes de médicaments de chimiothérapie. Les chercheurs ont analysé les données de plus de 800 patientes atteintes de tumeurs de l'ovaire, du sein, de la prostate et de sarcomes. Leurs travaux ont été publiés ce lundi dans Nature Genetics .

« Ce que nous voulons faire, c'est prédire quels patients seront résistants à ces médicaments, ce qui peut nous aider à éviter leurs effets toxiques », explique Macintyre, un bioinformaticien australien de 44 ans.

Hernando explique que cette analyse serait particulièrement intéressante pour les patients atteints de tumeurs avancées et à qui il ne reste plus qu'une ligne de traitement. La génétique de leurs tumeurs peut révéler quel médicament ne fonctionnera pas, ce qui aiderait les oncologues à appliquer un autre type de chimiothérapie potentiellement efficace. « Normalement, les biomarqueurs du cancer fonctionnent exactement à l'inverse, indiquant si un traitement est efficace, mais ce type d'approche peut contribuer à sélectionner un meilleur traitement et à améliorer la sécurité des patients », souligne ce biologiste moléculaire de 33 ans originaire de Castellón.

Cette équipe a contribué à la création du plus grand atlas des aberrations génomiques du cancer, publié en 2022. Les données issues de plus de 9 000 tumeurs ont mis en évidence la grande diversité des lésions génétiques à grande échelle responsables de différents types de cancer. L'objectif principal de ces travaux est de mieux comprendre ce chaos, de développer de nouveaux traitements plus personnalisés, applicables dès les premiers stades, et peut-être de mieux combattre les tumeurs au pronostic très défavorable.

Le 2 décembre 1943, les troupes allemandes bombardèrent le port de Bari, en Italie. Elles tuèrent plus de 1 000 soldats alliés et coulèrent 17 navires. Ce « petit Pearl Harbor » eut des conséquences très fâcheuses. Les explosions libérèrent du gaz moutarde, qui affecta de nombreux survivants, détruisant les cellules de leur moelle osseuse et de leur système lymphatique. Cette découverte fut essentielle au développement des premiers médicaments de chimiothérapie , basés sur des agents toxiques dirigés contre les cellules cancéreuses malignes. Depuis sa découverte, la chimiothérapie est un traitement relativement indifférencié, affectant parfois aussi les cellules saines. Pour la première fois, les tests d'instabilité génomique pourraient rendre ces traitements plus ciblés, affirme Macintyre.

Le projet pose un problème éthique, prévient le chercheur. « En temps normal, les médecins administrent une chimiothérapie à leurs patients sans savoir s'ils y répondront ou non. Mais dès qu'on dispose d'un système prédictif comme celui-ci, un dilemme éthique se pose : administrer ou non le traitement. C'est pourquoi nous ne menons pas d'essai clinique classique. Nous analysons plutôt les données de milliers de patients déjà traités et simulons un essai clinique avec eux, même s'il n'est pas prospectif », explique-t-il.

L'équipe travaille déjà à la validation du test en collaboration avec l' hôpital 12 de Octubre , où elle analysera les données de patients atteints de cancer traités par différents types de chimiothérapie. Elle a également fondé une société de biotechnologie pour commercialiser les tests d'instabilité génomique. Le projet a reçu un financement de 1,3 million d'euros de l'Union européenne et du gouvernement espagnol.

Rebeca Lozano, secrétaire scientifique de la Société espagnole d'oncologie médicale , qui n'a pas participé à l'étude, la juge « intéressante ». Un test de ce type « peut nous indiquer quelle chimiothérapie éviter, car elle ne fonctionnera pas ». L'oncologue de l'hôpital universitaire de Salamanque souligne qu'à l'heure actuelle, on ignore pourquoi près de la moitié des patients ne répondent pas à ce type de traitement. Si le test est finalement validé, il pourrait aider des milliers de patients rien qu'en Espagne, non seulement pour les tumeurs analysées, mais aussi pour d'autres types. « Ce serait très utile », souligne-t-elle.