Une étude met en garde contre les risques possibles des transplantations fécales

Les greffes de microbiote fécal (GMF) ont été proposées comme traitement pour diverses maladies, des maladies inflammatoires chroniques de l'intestin à l'autisme, en passant par l'obésité et le diabète de type 2. Cependant, une nouvelle étude de l' Université de Chicago met en garde contre leur utilisation généralisée, en raison du risque d'effets secondaires durables et inattendus pour les receveurs.

La FMT consiste à transférer les microbes présents dans les selles d'une personne saine à une personne malade, dans l'espoir de rétablir l'équilibre du microbiote intestinal. Cependant, comme ces selles contiennent principalement des microbes anaérobies du côlon (qui ne tolèrent pas l'oxygène), la procédure peut entraîner des déséquilibres si ces bactéries finissent par coloniser d'autres parties de l'intestin, comme l'intestin grêle.

Lors d'études sur des souris et des échantillons humains, les chercheurs ont observé que ces bactéries anaérobies colonisaient non seulement l'intestin grêle après une seule transplantation, mais y demeuraient également pendant des mois. Elles modifiaient également l'environnement intestinal en leur faveur, altérant le métabolisme, le comportement et l'équilibre énergétique du receveur.

« Cette découverte devrait nous inciter à repenser notre utilisation de la FM », explique Orlando DeLeon, auteur principal de l'étude. « Pour des thérapies efficaces, nous devons veiller à ce que les microbes soient introduits dans le bon environnement intestinal. »

La FMT n'est approuvée que dans certains pays pour les infections récurrentes à Clostridium difficile (C. diff), une bactérie responsable de symptômes intestinaux sévères. Cependant, son succès dans ces cas a incité certains médecins à l'utiliser pour d'autres maladies digestives.

Le problème est que l'intestin n'est pas un environnement uniforme : il est composé de régions très différentes, chacune dotée de son propre écosystème microbien spécialisé. Remplacer le microbiote d'une zone ne résout pas nécessairement le problème du reste du système.

Pour étudier ce phénomène, l'équipe a transplanté des microbes provenant de différentes zones de l'intestin (jéjunum, côlon et cæcum) chez des souris. Tous ont réussi à coloniser des régions situées hors de leur emplacement d'origine, provoquant des perturbations pouvant durer jusqu'à trois mois. Ces microbes ont également affecté le métabolisme hépatique, le comportement alimentaire et la dépense énergétique des animaux.

L’une des découvertes les plus surprenantes a été que les microbes ont modifié le tissu intestinal pour l’adapter à leurs besoins, en changeant l’expression génétique du lieu qu’ils ont colonisé pour le rendre plus semblable à leur environnement d’origine.

Eugene B. Chang, co-auteur de l'étude, souligne que nous ne comprenons pas encore parfaitement les effets à long terme de l'introduction de microbes dans de nouvelles zones intestinales. « Nous ne savons pas vraiment ce que contient une greffe de microbes, seulement qu'il s'agit d'un mélange de microbes », explique Chang. « Mais une seule greffe peut modifier durablement la relation entre l'hôte et le microbiote. »

Comme alternative, les chercheurs proposent des transplantations « omnimicrobiennes » (OMT) : incluant des microbes de toutes les régions de l'intestin, et pas seulement du côlon. Ainsi, une fois administrés (par voie orale ou endoscopique), les microbes pourraient s'installer plus naturellement à leur place.